故事发生在二十一世纪末，彼时，魔法早就已经不再仅存与神话和传说之中，而是同科学与超能力融合，成为了人尽皆知的存在。国家甚至成立了魔法大学附属第一高校，专门培养此方面的人才，以便更好的为国家效力。司波达也（中村悠一配音）和妹妹司波深雪（早见沙织配音）是魔法高校的新生，深雪是能力优秀的“花冠”，而达也则是作为其替补的二科生“杂草”。在学园中，兄妹两人结识了许多有趣的同伴们——个性大大咧咧不拘小节的千叶艾丽卡（内山夕实配音）、文静胆小的柴田美月（佐藤聪美配音）、正直勇敢的西城雷欧哈鲁特（寺岛拓笃配音）、认真努力的吉田干比古（田丸笃志配音），在学习的过程中，存在于学园之中的秘密也在逐渐揭晓。
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魔法科高校的劣等生
演员： 中村悠一 早见沙织 内山夕实 寺岛拓笃 佐藤聪美 田丸笃志 雨宫天 巽悠衣子 井上麻里奈 木村良平 诹访部顺一 花泽香菜 中原麻衣 户松遥 杉田智和 松冈祯丞 村濑步 山下大辉 田边留依 西明日香 齐藤佑圭 大西沙织 齐藤壮马 滨田贤二 加藤将之 斋藤千和 井上喜久子 子安武人 丰口惠美 日笠阳子 远藤绫 丹下樱 东山奈央 中博史 清川元梦 大川透 新垣樽助 川原庆久 伊藤静 木内秀信 千叶进步 丹沢晃之 藤原贵弘 斧笃 田中完 冲佳苗 久野美咲 浅仓杏美 饭田友子 诹访彩花 柚木凉香 远藤大智 荻野晴朗