「思い出して、翅（はね）があったころのことを」1万2千年前の想いに応え、繋がったのは欠けたこころ。太陽と月と火星が出会うとき、新たな合体の調べが流れる──！湘南の海に浮かぶ小島、江の島。美しくのどかなその浜辺に、〈私立江ノ島学園〉はある。学園には、全国から優秀な子どもが集められ、最新の機器を使った英才教育が施されていた。特殊強化クラスの生徒〈エレメント〉に選ばれたサッコ、リミヤ、トシは、感情の力で動く戦闘機〈ベクターマシン〉の操縦を命じられ、謎の侵略兵器〈神話獣〉との戦いを余儀なくされる。戦いのさなか、不可思議なヴィジョンに導かれ、サッコは叫ぶ──。「想星合体！GO、アクエリオン！」繰り返される輪廻の果てに、現れた機械天翅アクエリオン。宿命を背負った少年少女は、得体のしれない団体〈宇宙たまごの会〉や大人たちの思惑が交錯する中、この宇宙の真実と向き合っていくことになる……。これは、おのれの感情と宇宙の存亡を賭けて紡がれる、壮大な愛の神話。
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